Ирисовата диафрагма се използва за регулиране на количеството светлина, преминаващо през оптичната система на стереомикроскопа със CMO. Отворът на диафрагмата влияе върху дълбочината полето и контраста на изображението.
Диафрагмата трябва да бъде прецизно настроена по отношение на материалознанието и производствения контрол, при което съдържанието на информацията на изображението зависи пряко от това как са оптимизирани контрастът и дълбочината на полето. Тази настройка е важна за наблюдения и заснемане на ясни цифрови изображения.
Ирисовата диафрагма се монтира между главата на микроскопа и обектива с променливо увеличение.